實驗室細胞培養中常見的生物污染包括細菌污染、霉菌污染、支原體污染、黑點污染、真菌污染和原生動物污染。
1、細菌污染
細菌在普通倒置顯微鏡下呈黑色和細砂狀。根據感染菌的種類不同，可能會呈現不同的形狀，培養液一般會變得渾濁、黃色，對細胞生長有明顯影響。
2、霉菌污染
正常情況下，培養基在 37℃ 培養箱中培養兩三天，在倒置顯微鏡下仍保持透明，無雜質。一旦出現絮狀雜質，顯微鏡下可見絲狀和團塊狀漂浮物，菌絲明顯。此時，雖然細胞仍在生長，但它們的生命狀態會在長時間后逐漸惡化。
3、支原體污染
支原體是隱蔽的污染物，不能通過過濾去除。顯微鏡下沒有任何可見的支原體污染跡象，比如細胞病變和濁度或 pH 值變化（即使在嚴重污染的培養基中），這樣就會導致我們產生錯誤的安全感。而在牛血清中，支原體是最常見的微生物之一。
4、黑點污染
黑色的游動點能穿透濾膜并在空氣中擴散。它們在低倍鏡下顯示為黑色圓點，在高倍鏡下顯示為可移動的黑色斑點。培養液也不渾濁，一般影響較小，因此細胞仍可使用。通常，黑點污染后，細胞生長良好，運動物體無明顯增加，培養基的顏色和透明度無明顯變化。在同一批血清培養的細胞中也可以發現類似的現象。
5、真菌污染
真菌污染后，培養基一般清澈，保持原色。細絲可以在顯微鏡下觀察到。最初，一些真菌類似于死細胞碎片，但其中許多清晰可見，看起來像珊瑚，比較容易區分。此外，它們會慢慢長出細細的黑色細絲，因為它們生長得比較慢，不像細菌那樣容易被發現，一旦發現培養基被污染，它們將很難存活。
6、原生動物污染
原生動物污染后，細胞培養基變得輕微渾濁。在顯微鏡下，大量的小點來回移動。雖然此時細胞仍能生長，但繁殖速度減慢，細胞生長狀態不好，邊緣不清，變得不透明。原生動物與細胞形成共生關系。同時，原生動物與細胞競爭營養。這種共生現象非常普遍，但以細胞為主，因為原生動物的數量相對較少，因而對細胞的正常生長沒有影響，只有當它們達到一定數量時，才最終爆發成為惡性循環。
